李由然

职称：副教授

学历/学位：研究生、博士

电话：0510-85918235

电子邮箱：liyouran@jiangnan.edu.cn

李由然，工学博士，副教授，硕士生导师。粮食发酵工艺与技术国家工程实验室微生物发酵过程工程研究团队成员，多年来一直致力于地衣芽孢杆菌的合成生物学研究。地衣芽孢杆菌是被众多国际机构认定为食品安全的工业微生物，是开发安全高效表达系统的理想宿主菌，相关核心上游技术主要被欧洲、美国和日本等国的公司所垄断。对照国外技术水平，地衣芽孢杆菌表达系统的构建及应用主要存在三方面挑战：遗传改造困难、生物元件缺乏和发酵方法落后。针对这些问题，多年来进行了以下关键技术的攻关：基于条件表达的CRISPR基因编辑技术、基于碳代谢调控的食品级人工表达元件和基于细胞内信号反馈的发酵过程代谢控制。完整构建了地衣芽孢杆菌安全高效表达系统。近年来，承担和完成国家重点研发计划2项、国家自然科学基金2项及横向项目10余项；在国内外学术期刊发表论文60余篇（其中SCI收录40余篇）；授权国家发明专利12项。获包括中国轻工业联合会科技进步一等奖在内的科技奖项3项。

2002/09-2006/06，江南大学，生物工程学院，学士

2007/09-2009/06，江南大学，生物工程学院，硕士，导师：石贵阳

2009/09-2014/01，江南大学，生物工程学院，博士，导师：石贵阳

2014/01-2018/05，江南大学，粮食发酵工艺与技术国家工程实验室，讲师

2018/06-至今，江南大学，粮食发酵工艺与技术国家工程实验室，副教授

一、论文（论著）发表情况

部分代表性论文如下：

1. Li, Y.; Wang, H.; Zhang, L.; Ding, Z.; Xu, S.; Gu, Z.; Shi, G. Efficient Genome Editing in Bacillus licheniformis Mediated by a Conditional CRISPR/Cas9 System. Microorganisms 2020, 8.5, 754.

2. Li, Y.; Liu, X.; Zhang, L.; Ding, Z.; Xu, S.; Gu, Z.; Shi, G. Transcriptional changes in the xylose operon in bacillus licheniformis and their use in fermentation optimization. International Journal of Molecular Sciences 2019, 20, doi:10.3390/ijms20184615.

3. Li, Y.; Wang, H.; Lu, J.; Chu, A.; Zhang, L.; Ding, Z.; Xu, S.; Gu, Z.; Shi, G. Preparation of immobilized lipase by modified polyacrylonitrile hollow membrane using nitrile-click chemistry. Bioresource Technology 2019, 274, 9-17, doi:10.1016/j.biortech.2018.11.075.

4. Li, Y.; Jin, K.; Zhang, L.; Ding, Z.; Gu, Z.; Shi, G. Development of an inducible secretory expression system in Bacillus licheniformis based on an engineered xylose operon. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2018, 66, 9456-9464, doi:10.1021/acs.jafc.8b02857.

5. Li, Y.; Gu, Z.; Zhang, L.; Ding, Z.; Shi, G. Inducible expression of trehalose synthase in Bacillus licheniformis. Protein Expression and Purification 2017, 130, 115-122, doi:10.1016/j.pep.2016.10.005.

6. Li, Y.; Xu, J.; Zhang, L.; Ding, Z.; Gu, Z.; Shi, G. Investigation of debranching pattern of a thermostable isoamylase and its application for the production of resistant starch. Carbohydrate Research 2017, 446, 93-100, doi:10.1016/j.carres.2017.05.016.

7. Li, Y.; Zhang, L.; Ding, Z.; Gu, Z.; Shi, G. Engineering of isoamylase: improvement of protein stability and catalytic efficiency through semi-rational design. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology 2016, 43, 3-12, doi:10.1007/s10295-015-1708-4.

8. Li, Y.; Zhang, L.; Ding, Z.; Shi, G. Constitutive expression of a novel isoamylase from Bacillus lentus in Pichia pastoris for starch processing. Process Biochemistry 2013, 48, 1303-1310, doi:10.1016/j.procbio.2013.07.001.

9. Li, Y.; Niu, D.; Zhang, L.; Wang, Z.; Shi, G. Purification, characterization and cloning of a thermotolerant isoamylase produced from Bacillus sp CICIM 304. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology 2013, 40, 437-446, doi:10.1007/s10295-013-1249-7.

10. Li, Y.; Zhang, L.; Niu, D.; Wang, Z.; Shi, G. Cloning, expression, characterization, and biocatalytic investigation of a novel bacilli thermostable type i pullulanase from Bacillus sp CICIM 263. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2012, 60, 11164-11172, doi:10.1021/jf303109u.

11. Zhang, Y.; Li, Y.; Xiao, F.; Wang, H.; Zhang, L.; Ding, Z.; Xu, S.; Gu, Z.; Shi, G., Engineering of a biosensor in response to malate in Bacillus licheniformis. ACS synthetic biology 2021, in press.

12. Xu, Y.; Li, Y.; Li, L.; Zhang, L.; Ding, Z.; Shi, G., Reductase-catalyzed tetrahydrobiopterin regeneration alleviates the anti-competitive inhibition of tyrosine hydroxylation by 7,8-dihydrobiopterin. Catalysis Science & Technology 2021, 11, 3128-3140.

13. Xiao, F.; Li, Y.; Zhang, Y.; Wang, H.; Zhang, L.; Ding, Z.; Gu, Z.; Xu, S.; Shi, G., A new CcpA binding site plays a bidirectional role in carbon catabolism in Bacillus licheniformis. Iscience 2021, 24.

14. Wu, Z.; Li, Y.; Zhang, L.; Ding, Z.; Shi, G., Microbial production of small peptide: pathway engineering and synthetic biology. Microbial Biotechnology 2021.

15. Lu, J.; Li, Y.; Zhu, H.; Shi, G., SiO₂-coated Fe₃O₄ Nanoparticle/Polyacrylonitrile beads for one-step lipase immobilization. ACS Applied Nano Materials 2021.

二、专利情况

1.一种基于CRISPR-Cas9系统的地衣芽孢杆菌基因组编辑载体及其制备方法, ZL201710590555X, 石贵阳 李由然 张梁 丁重阳 顾正华

2.一种代谢改造的枯草芽孢杆菌生物转化细胞及其制备方法与应用, ZL2017105912873, 石贵阳 李由然 陈稳 吴志勇 张梁 丁重阳 顾正华

3.一种适用于发酵过程中地衣芽孢杆菌RNA的提取方法, ZL201910374728.3, 石贵阳 李由然 陈稳 吴志勇 张梁 丁重阳 徐沙 顾正华

4.一种发酵生产维生素C前体2-酮基-L-古龙酸的方法, ZL201811358451.7, 石贵阳 吴志勇 李由然

5.一种木糖诱导型地衣芽孢杆菌产蛋白的诱导方法, ZL201810870120., 石贵阳 李由然 刘翔 张梁 丁重阳 徐沙 顾正华

6.一种地衣芽孢杆菌的基因编辑方法及应用, ZL201810884050.9, 石贵阳 李由然 张梁 丁重阳 徐沙 李宗文

7.一种聚丙烯腈改性膜的制备及其应用于固定酶的方法, ZL201810133195.5, 石贵阳 卢佳伟 朱惠霖 李由然 张梁 丁重阳 顾正华

8.一种脯氨酸 4 羟化酶及其重组表达宿主菌的应用, ZL201710546679.8, 石贵阳 朱惠霖 吴志勇 李由然

三、承担教学科研项目情况

1.国家重点研发计划，2016YFD0401404，油脂与蛋白高功能性增值产品绿色制造研发与示范,2016/1-2020/12，主持。

2.国家重点研发计划，2018YFA0900504，高版本模式微生物底盘细胞,2019/1-2023/12，主持。

3.国家自然科学基金青年项目，31401674，地衣芽孢杆菌应对碳饥饿的调控机制，2015/01-2017/12，主持

4.国家自然科学基金面上项目，32172174，地衣芽孢杆菌CcpA蛋白参与调控糖类选择性利用的机制，2022/1-2025/12，主持

四、获奖情况（含指导学生获奖）

1.中国轻工业联合会科学技术进步奖一等奖（2018，3/10）

2.中国轻工业联合会科学技术进步奖二等奖（2016，4/8）

3.江苏省优秀本科论文指导教师 （2016）

以上资料更新时间截止：2022年8月