江南大学生物工程学院是我国发酵工程学科的诞生地，源头可追溯至20世纪30年代初，国立中央大学农科农化系食品发酵学术方向。中国第一代发酵学科泰斗魏喦寿、陈騊声、金培松、秦含章、朱宝镛等均曾执教于此，为我国酿造微生物学研究和人才培养做出开拓性贡献。一脉相承的南京大学食品工业系发酵组、南京工学院发酵工学专业汇集了中国最为优秀的一批发酵专家学者。深厚的历史传承和大师级人物的领衔使得1958年建设的无锡轻工业学院发酵工程学科从发轫就站在了巨人的肩膀上。1984年，原无锡轻工业学院成立发酵工程系，开启了学院办学的新篇章。1995年，随着无锡轻工大学更名，发酵工程系更名为生物工程学院。2001年，三校合并新组建的江南大学成立，原无锡教育学院、江南学院部分师资并入生物工程学院。

学院创建了我国第一个发酵工程国家重点学科及完善的本硕博人才培养体系，以及轻工技术与工程博士后流动站，是我国轻工生物技术与发酵工程领域中最具品牌影响力和竞争力的高等教育基地。学院不断优化以发酵工程和糖工程为核心的轻工技术与工程、基于工程生物学驱动的生物工程的双峰学科布局。轻工技术与工程一级学科在2009、2012、2017年教育部学科评比中位居全国并列第一、第二和A+，2017年、2021年连续入选我国“双一流”建设学科。

学院始终坚持“江南特色、世界一流”的核心理念，明确“谋大势、带队伍、建能力、开新局”的建设思路，坚持面向世界科技前沿、坚持面向经济主战场、坚持面向国家重大需求、坚持面向人民生命健康。以创新驱动发展，立足生物工程产业，努力打造具有国际视野的一流师资队伍，积极探索轻工生物类高水平复合型人才培养模式，推进基础科学研究突破和重大成果转化落地，形成了“善于实践、勇于创新”的特色学科文化，保持学科可持续发展的比较优势。

学院拥有一支包括中国工程院院士、国家杰出青年基金获得者、国家级引进人才、国家特殊支持计划教学名师及领军人才等在内的国家级拔尖人才师资队伍。现有专任教师173名，正高73名，副高75名。

近五年来，学院主持包括国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点项目等在内的国家和省部级课题300余项。其中，主持国家重点研发计划项目10项、政府间国际合作项目2项、课题25项；国家自然科学基金创新群体项目1项、重点项目5项、优秀青年基金3项。主持企业横向项目700余项，其中千万级横向项目27项，形成了“百企千司聚江南”的协同创新集群效应。学院年度科研经费2018年首次突破1亿元，2020年突破2亿元，近5年科研总经费达到10.32亿元，纵向与横向平衡发展，经费比例约为1:1。近5年，在Nat Chem Biol、Nat Commun、Sci Adv、Proc Natl Acad SciUSA、J Am Chem Soc和J Cell Biol等国际期刊发表SCI论文1600余篇。年均获授权发明专利300余项，其中国际专利20余项，在生物制造领域发明专利家族数位居全球前列。先后获国家技术发明二等奖9项，国家科技进步二等奖1项，中国专利金奖1项、银奖2项。

学院拥有国家级优质教学资源，包括国家生命科学技术人才培养基地（基地班）、国家级人才培养模式创新实验区等，是教育部卓越工程师计划首批试点专业之一。学院设有生物工程（国家级特色专业、江苏省品牌专业）、生物技术（国家级特色专业）、酿酒工程（国内首个）三个本科专业，均入选国家一流专业建设行列。基地班采用本-硕-博贯通式招生培养。学院拥有轻工技术与工程博士后流动站，轻工技术与工程一级学科学术学位博士授权点（发酵工程、制糖工程），生物学一级学科学术学位硕士授权点（微生物学、生物化学与分子生物学），生物与医药专业学位硕士、博士授权点（博士招生专业为发酵工程、硕士招生专业为生物技术与工程和发酵工程）。学院年招收本科生240余名，硕士和博士研究生450余名。迄今为止已为社会培养输送各类人才16000余名。

学院十分重视国际学术交流与合作。通过“引进一流专家、打造一流平台”，持续与美国、德国、日本、法国、加拿大、荷兰、韩国等多所国立大学建立了密切的合作和交流关系，取得了一批标志性成果。近年来，承担国家重点研发计划国际合作重点项目3项、国家外专局高端外专项目4项。学院与英国布里斯托大学达成本科“2+2”合作办学协议。高等学校学科创新引智计划“应用微生物及其生物制造技术学科创新引智基地”获评“优秀”顺利通过教育部验收，并获得滚动支持。

学院建有工业生物技术教育部重点实验室、糖化学与生物技术教育部重点实验室、江苏省现代工业发酵协同创新中心，共建了粮食发酵与食品生物制造国家工程研究中心、食品科学与资源挖掘全国重点实验室、食品合成生物技术教育部工程研究中心、江南大学未来食品科学中心，为学科建设、科学研究和一流人才培养奠定了坚实基础。

学院坚持“立德树人”根本任务，牢记初心为党育人为国育才，大力实施“党建示范创建与质量创优”工程，入选首批“全国党建工作标杆院系”、首批全国高校“百个研究生样板党支部”、第二批全国高校“百名研究生党员标兵”，第三批“全国党建工作样板支部”。2015年获评“全国模范职工小家”，2019年荣获“全国教育系统先进集体”，2022年入选“全国高校黄大年式教师团队”。