（一）在农科建制中萌芽
1921年，国立东南大学正式成立，与南京高等师范学校（简称“南京高师”）共有校园、教职员、经费等。南京高师农业专修科并入建立农科，仿照美国做法，施行“科- 系”建制，开创了将人才培养、科研、服务三合为一为基本职能的大学农科学科组织先河。农科下设农艺系、园艺系、畜牧系、植物病虫害系、农业化学（农产制造）系五个系，农业化学系（简称农化系）附设农产制造组，后又增设生物系、蚕桑系，共七个系。
发酵便从此在农科学科体系下埋下了种子，以农产制造中的“发酵”相关课程存在于农业 科学高等教育的范畴。在民国时期，国立中央大学农学院在科系设置方面的变动颇为频繁。
1925—1927年，国立东南大学农科与江苏省立第一、第三农业学校合办大学部，国立东南大学农科设生物、农艺、病虫害、蚕桑系，江苏省立第一农业学校大学部设置森林、园艺、农艺系，江苏省立第三农业学校大学部设畜牧系、兽医系。
1927年，江苏省立第一农业学校并入第四中山大学农学院，改系为科，只设农林科、畜牧科、农产制造三个科。
1927—1928年，第四中山大学时期，先是1928年，农林科改名为植物农艺科，畜牧科改名为动物农艺科。不久又取消了科系这个级别的建制，学院下设五门、五组，门组低于系；农作物门、园艺门、蚕桑门、畜牧门、农产制造门；森林组、昆虫组、农艺化学组、植物病理组、农业工程组。
1928年，国立中央大学农学院正式成立。1929年，“谋将来农业之改进，改五门五组为八科”，即，将农作物门、农业工程组合并为农艺繁殖科，昆虫与植物病理合为病虫害科，农产制造门与农艺化学组合为农业化学科，畜牧、蚕桑、园艺3门和森林组分别改为畜牧兽医科、蚕桑科、园艺科、森林科，并新设农政科，共8个科。
1930年，8科改为6科，病虫害科与农政科改为组。1932年，改科为系，成立农化系。按教学及研究性质划分为土壤研究室、农业微生物研究室（农产制造在内）、生物化学研究室。附属的农产制造所则为研究农产制造实验的场所，附带经营小规模生产酱油、酒精、味精等。资本估值约200万元。酱油每月可产千斤，酒精每月可产一千五百加仑（1美加仑≈3.8升）。
后续科系又历经多次撤销、恢复、合并，但农业化学系一直保持着建制，直到1951 年，随着学科发展，农业化学系分设土壤学系和食品工业系。发酵学科继而延续至食品工业系壮大发展。
（二）发酵学科的先驱者
国立中央大学农化系产生了中国第一代现代微生物专家。他们为我国酿造微生物学研究和人才培养做出了开拓性的贡献。
陈騊声（1899—1992），1922年于国立北京工业大学应用化学科毕业。1922—1927 年，任山东溥益糖厂酒精厂工程师。这是我国近代最早设立的一家酒精厂，后因动乱，工厂停工，陈騊声赴大学任教。1927—1930年，先后任京师大学、国立中央大学讲师，上海劳动大学副教授。1950—1952年，兼任私立江南大学食品工业系教授。讲授的《酿造学》《发酵微生物学》《食品化学》等课程深受学生欢迎。
魏喦寿（1900—1973），于1922年入日本京都大学化学工程科，在喜多逸源指导下学习化学和微生物学，并进行真菌学研究。1926年回国。1930—1937年，任国立中央大学农业化学系教授、系主任。1929年在美国的《科学》（Science） 杂志报道了他在腐乳中分离的一个毛菌新种，而且详细介绍了腐乳这种对于我国汉族饮食具有重要意义的发酵食品。魏喦寿是首位在《科学》上发表本土研究的中国科学家。
金培松（1906—1969），于1927年9月以高中肄业学历被上海劳动大学农学院农艺化学系录取，1931年毕业。毕业后，和方心芳随魏喦寿教授一起到天津黄海化学工业研究所任研究助理。后随魏喦寿教授到南京国立中央大学农学院农业化学系，成为魏喦寿教授的助教。1934年于南京中央工业实验所酿造室任技士，同时兼任国立中央大学农学院讲师。
秦含章（1908—2019），毕业于上海国立劳动大学农学院，后去比利时、法国、德国留学，在比利时布鲁塞尔大学植物学院进修微生物学，并任威尔孟哥本斯啤酒厂实习工程师，1936年在德国柏林大学发酵学院专修啤酒工业。1941年8月，秦含章任国立中央大学（校址在重庆）农业化学系教授，教授“农业微生物”“发酵工业”等与发酵相关课程。1948年8月又兼任私立江南大学教授、农产制造系主任。
金贞观，国内酿造界专家，对于酒精工业尤富经验。抗日战争时期战事后方大部分酒精厂的设计工作均出自金贞观教授之手，对于液体燃料工业的贡献颇为巨大。曾在农业化学系教授《农产制造》课程并担任农化生产实验厂厂长一职。
（三）发酵科学的进展
动乱的时局下，农业化学系本着发展学术的立场，克服多重困难，在发酵科学研究方面也取得了进展。
1932—1937年，国民政府从南京西迁前，农业化学系已有多份发表的调查报告，在农产制造及微生物方面的研究包括：中国各种应用酵母的分离、微生物对于紫外光线反应的观察和中国产醋酸菌的研究等。研究范围和进展如下：
1．酵母制造法之研究
酵母与军用粮食的制造有紧密关系。农化系农产品制造所关于各种酵母的制造方法及酵母的性质与生产量等的研究已有相当的成绩，生产的酵母已经被军政部粮米长及冠生园食品公司采用。
2．发酵法制造甘油之研究一
战时及平时都需要甘油。甘油可以发酵法制得，利用糖类的发酵及蓖麻子酵素的作用，以糖类或油脂类为原料。结果已发表于《中华农学会报》。
3．发酵法制造甘油之研究二
继续上次的研究，以各种油脂为对象，用上次研究之结果：蓖麻子油脂分解酵素的精制法加以试验。
4．蚕蛹酱油制造法之研究
蚕蛹可制酱油已经是被大家周知的事实。农化系农产制造所曾以此为原料，试以各种速酿法，已有结果。
5．葡萄糖淀粉酶制造法之研究
葡萄糖淀粉酶为重要的工业原料，可利用发酵法制造。曾以保存的菌种加以试验。
6．无水酒精制造法之研究
无水酒精是重要的代汽油的原料，制法甚多，曾利用农化系农产制造所自制的酒精试以各种方法，看哪种方法有效，以供战时需要，此项研究虽未发表，但其中的一种方法已可供实际制造。
7．酪胶制造法之研究
酪胶为木材胶接的必需材料，尤为滑翔机及飞机所用木材的唯一胶接剂，曾受本校航空系及航空委员会的委托，研究其制造方法，费时一年，结果已告成功。现已将该方法交航空委员会自制。
8．蓖麻油制造之研究
蓖麻油在医药上、机器润滑上及其他工业上用途广泛，本系于民国二十七年受中国农民银行委托和资助，曾先后派往川北及西康宁属一带，调研蓖麻子生长状况及制油方法，继而进行各项试验。
9．大麦与米壳糖化酶之研究
糖化酶对于酿造业颇为重要。研究时注意到大麦与米壳萌芽时糖化酶之生成，化学剂对
于该糖化酶之影响，经实验后，证明过硫酸钙对大麦及米壳糖化酶均有限制的抑制作用，研究结果曾在中华农学会年会上宣读，并在中国化学会刊物发表。
国立中央大学《农学专刊》上刊登的魏喦寿、金培松发表的发酵科学研究论文
